Aina Moll Marquès fou la primogènita dels set fills i filles de l’il·lustre filòleg ciutadellenc Francesc de Borja Moll (Ciutadella, 1903 – Palma, 1991) i de Francisca Moll Bonet (Ciutadella, 1905). Va néixer el 14 d’agost de 1930 a Ciutadella, tot i que son pare ja residia a Palma. Pocs dies després, mare i filla es traslladaren també a Mallorca. Quan esclatà la Guerra Civil, Aina i la seva germana Francisca es trobaven a ca els avis, a Ciutadella, fet que provocà que la família romangués separada durant el conflicte. El 1941 començà els estudis de batxillerat a l’Institut Femení Joan Alcover, i un cop finalitzats, es traslladà a Barcelona per cursar la carrera de Lletres a la Universitat de Barcelona. El 1948 obtingué, juntament amb la seva germana, el Premi Marià Aguiló de l’Institut d’Estudis Catalans. El 1953 es llicencià en Filologia Romànica i començà a preparar la seva tesi doctoral sobre el dialecte eivissenc. Durant molts anys, treballà als cursos de l’Estudi General Lul·lià. El 1954 amplià estudis a la Sorbona, Estrasburg i Frankfurt, i el 1956 rebé una beca per seguir un curs a Zuric.
En la seva carrera docent, va exercir com a professora ajudant en pràctiques de gramàtica espanyola a la Universitat de Barcelona, i com a professora suplent a l’institut Joan Alcover de Palma, on havia estat alumna. Paral·lelament, col·laborà estretament amb son pare en la gran obra del Diccionari Català-Valencià-Balear. A més, dirigí les col·leccions literàries Les Illes d’Or, iniciada pel seu pare el 1934, i la col·lecció de llibres de butxaca Raixa. El 1961 guanyà per oposició una plaça de professora de francès a l’institut Joan Alcover. En aquesta època també fou una de les fundadores de l’Obra Cultural Balear.
Durant els anys setanta formà part del secretariat del Congrés de Cultura Catalana a Mallorca. En plena transició política, participà en grups de treball vinculats a la Comissió de Transferències Estat-Comunitat Autònoma en el període preautonòmic (1978) i a la comissió redactora de l’avantprojecte d’Estatut d’Autonomia (1977-1980). L’any 1980 fou nomenada directora general de Política Lingüística de la Generalitat de Catalunya, càrrec clau en l’inici del procés de normalització lingüística a Catalunya. El 1988 deixà aquest càrrec i retornà a la docència a l’institut Joan Alcover, a l’activisme cultural dins l’OCB i a la promoció del català a les Illes Balears. Posteriorment, ocupà diversos càrrecs relacionats amb la política lingüística al Govern de les Illes Balears. El 2004 publicà la biografia del seu pare: Francesc de Borja Moll: la fidelitat tossuda. És autora de nombrosos articles i llibres.
Al llarg de la seva trajectòria rebé diversos guardons i homenatges, entre els quals destaquen: la Creu de Sant Jordi (1988), el Premi Marià Aguiló de l’IEC (1988), el Ramon Llull del Govern de les Illes Balears (1997), el Premi Pompeu Fabra de la Generalitat de Catalunya, la Medalla d’Or de la Ciutat de Palma, i la Medalla d’Or del Consell de Mallorca, entre d’altres.
L’any 2011, el col·legi Eugenio López de Palma fou rebatejat com a Escola Aina Moll i Marquès. El 2022, l’empresa Ferrocarrils de la Generalitat de Catalunya posà el seu nom a un tren. Aina Moll morí a Palma el 9 de febrer de 2019.
L’any 2021, Pilar Arnau, amb la col·laboració d’Isidor Marí, publicaren el llibre biogràfic Aina Moll i Marquès (1930-2019): Filòloga i activista per la normalització del català. La fotografia que acompanya aquest text és de Robert Ramos (1980).